Variant BA.2 d'Omicron : plus contagieux qu'Omicron ? Ce que l'on sait

Le variant BA.2, petit frère d'Omicron, interroge. La mutation pourrait infecter des personnes précédemment contaminées par Omicron mais rien n'indique une dangerosité plus importante.

[Mis à jour le 28 janvier à 14h26] "Il a la couleur, le goût et l'odeur d'Omicron mais n'est pas exactement comme lui." Singeant la publicité d'une boisson bien connue, le ministre des Solidarités et de la Santé, Olivier Véran, a portraituré le petit dernier de la famille des variants du coronavirus, sur LCI le mardi 25 janvier. Le variant BA.2 est en fait un sous-variant d'Omicron. C'est pourquoi il présente beaucoup de similitudes et est difficilement identifiable. La mutation BA.2 concentre l'attention alors que le pic de la vague d'Omicron, initialement attendu pour la mi-janvier, n'est toujours pas franchi et que le nombre de nouvelles contaminations quotidiennes bat régulièrement des records.

Les premiers résultats des séquençages de la mutation ont révélé de nombreuse similitudes entre les variants BA.2 et Omicron mais également une différence notable sur la protéine Spike qui détermine la contagiosité du virus mais aussi les effets de la réponse immunitaire permise par les anticorps. Parmi ces particularités, une pourrait empêcher "les cellules humaines [de] reconnaître [le variant], alors même qu'elles auraient déjà été exposées au variant Omicron", selon les explications d'Olivier Véran. Ces premiers élément de réponse suggèrent que la contagiosité du sous-variant est plus importante. "BA.2 semble se transmettre plus facilement", confirmait Troels Lillebaek, l'épidémiologiste danois et directeur du Statens Serum Institut, sur BFMTV. Mais la vraie question qui entoure la mutation BA.2 "est de savoir quelle va être sa gravité", insistait Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique, sur Franceinfo, le 25 janvier également. Si sur ce point le mystère reste encore entier, Olivier Véran affirmait que BA.2 n'est "pas plus dangereux" qu'Omicron. Les études se poursuivent pour mieux connaître ce sous-variant d'Omicron et ses caractéristiques, surtout qu'une autre question taraude la communauté scientifique : "On ne comprend pas pourquoi ce sous-variant, apparu il y a plus de deux mois, devient tout à coup prépondérant au Danemark".

Quand est apparu le variant BA.2 ?

Le sous-variant BA.2 est une forme évoluée de la mutation BA.1 communément appelé Omicron. Si la plus ancienne séquence génomique d'Omicron date du 25 octobre 2021, celle du BA.2 n'est apparue qu'une semaine plus tard, le 1er novembre. Malgré ce séquençage, la sous-mutation n'est été vraiment identifiée que le 7 décembre et il a fallu attendre encore davantage avant qu'elle ne se reproduise à grande échelle, au point de devenir majoritaire au Danemark. Le pays nordique est celui où le variant BA.2 circule le plus. Il représente déjà 66% des cas de Covid-19. La mutation s'est répandue comme une trainée de poudre en à peine quelques semaines, elle représentait 20% de tous les cas de Covid-19 au Danemark au cours de la semaine du 27 décembre au 2 janvier, et 45% lors de la semaine du 10 au 16 janvier, d'après les données du Statens Serum Institut.

Le variant BA.2 circule-t-il en France ?

Issue d'Omicron, la mutation BA.2 a des chances de se répandre en France. Au 25 janvier, seulement 60 contaminations étaient dues au nouveau variant selon le ministre de la Santé. En réalité, il est impossible de comptabiliser le nombre de cas de BA.2 car "la détection des mutations du SARS-CoV-2 par criblage ne permet pas, dans la plupart des laboratoires, de distinguer BA.1 de BA.2 " a expliqué la biologiste Florence Débarre, au Monde. Il faudrait modifier les cibles des criblages ou séquencer la totalité du génome viral pour identifier la nature du variant, or "la remontée des données du séquençage en France n'est pas immédiate".

Le variant BA.2 est-il plus contagieux ?

L'envolée du nombre de contaminations quotidiennes au Danemark coïncide avec la prolifération du variant BA.2 sur le territoire et les scientifiques danois évoquent l'hypothèse d'une transmissibilité accrue de la nouvelle mutation. Un avis que rejoint Jean-François Delfraissy qui décrivait, sur Franceinfo le 25 janvier, le BA.2 comme "un petit-cousin d'Omicron, plus transmissible encore". Etienne Declory, virologue au CNRS de l'université d'Aix-Marseille, tempère ce discours et rappelle qu'il est "beaucoup trop tôt" pour tirer des conclusions. Le spécialiste se contente d'affirmer que le variant "BA.2 porte moins de mutations que BA.1, notamment sur la protéine Spike". Les rares différences observées entre BA.1 et BA.2 porteraient plus sur la capacité à créer une réponse immunitaire neutralisante au virus.

Quelles sont les différences entre le variant BA.2 et Omicron ?

Les variants Omicron, ou BA.1, et BA.2 appartiennent à une même famille de mutations, BA.2 serait même une évolution d'Omicron. Pour l'essentiel les deux mutations se ressemblent mais le virologue Etienne Decroly a remarqué que "BA.2 porte moins de mutations que BA.1, notamment sur la protéine Spike". La protéine Spike est particulièrement surveillée puisqu'elle concentre les caractéristiques liées à la contagiosité et au déclenchement d'une réponse immunitaire. Dans le détail, le scientifique explique que sur le "site de clivage de la furine" et le site RBD (receptor binding domain) qui jouent respectivement sur les capacités du virus à infecter les cellules humaines et à déclencher une réponse neutralisante des anticorps, aucune différence significative de BA.2 par rapport à Omicron n'est à signaler. En revanche, sur le domaine NTD, "domaine N-terminal", joue un rôle dans l'activation des anticorps neutralisants, des différences notables ont été repérées et laissent suggérer que des anticorps créés pour lutter contre Omicron ne seraient pas capable d'apporter une réponse immunitaire contre le variant BA.2. En d'autres termes, une personne déjà contaminée par Omicron pourrait tout de même être infectée par le sous-variant BA.2.

Si le risque d'être infecté par le variant BA.2 existe même après une contamination à Omicron, la mutation ne serait pas à l'origine de forme grave. Comme pour son aîné, le BA.2 pourrait donc être plus contagieux mais moins dangereux et envoyer moins de malades à l'hôpital. Le directeur de l'institut de recherche danois, Troels Lillebaek, indiquait sur BFMTV : "Les indicateurs préliminaires montrent qu'il n'y a pas de différence entre BA.1 et BA.2 pour les hospitalisations, qu'il n'est pas plus virulent".